陆川猪ANKRD1基因克隆及其表达差异分析

更新时间:2023-05-28

【摘要】【目的】克隆陆川猪心肌锚蛋白重复域1基因（ANKRD1）,并进行生物信息学及组织表达谱分析,为研究ANKRD1在陆川猪机体内的功能作用提供参考依据。【方法】根据NCBI已公布的野猪ANKRD1基因序列（NM213922.1）设计特异性引物,采用TRIzol法提取陆川猪心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪的总RNA,反转录合成cDNA,并以此为模板进行ANKRD1基因克隆,通过MegAlign、Protaram、Protscale、MHMM Server和SignalP等在线分析软件进行生物信息学分析,最后以实时荧光定量PCR检测ANKRD1基因在陆川猪各组织中的表达情况。【结果】陆川猪ANKRD1基因蛋白编码区（CDS）序列全长960 bp,编码319个氨基酸残基,与NCBI已公布野猪ANKRD1基因（NM213922.1）的CDS序列存在4处碱基突变,但均为同义突变,二者的ANKRD1氨基酸序列同源性为99.6%。陆川猪ANKRD1基因编码蛋白分子量为36125.70 Da,理论等电点（pI）为7.09,属于稳定蛋白,其二级结构中α-螺旋占46.39%、无规则卷曲占39.81%、β-转角占9.09%、延伸链占4.70%;陆川猪ANKRD1蛋白不存在跨膜结构,也无信号肽,有多个磷酸化位点。陆川猪ANKRD1基因在其心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪等7个组织中均有表达,其中以心脏中的相对表达量最高,显著高于在其他组织中的相对表达量（P<0.05,下同）,在脾脏中的相对表达量最低,显著低于在心脏、肝脏、肺脏和背最长肌中的相对表达量。【结论】ANKRD1基因在陆川猪的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪等组织中均有表达,且存在明显差异,故推测ANKRD1基因在不同组织中发挥不同作用。

【关键词】 陆川猪 ANKRD1基因 克隆 生物信息学 组织表达谱

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